Rutger Wessel van Boetzelaer heeft de nodige wijzigingen aangebracht. Zo heeft hij in het achterhuis een nieuwe ingang met bordes laten maken en een trap vanuit de hal naar boven laten aanleggen. Zo is het huis voor meerdere gezinnen te bewonen. Ook was herstel van oorlogsschade noodzakelijk. 

Het landhuis werd in 1939 door het Nederlandse leger en vervolgens tot het eind van de Tweede Wereldoorlog door de Duitsers in beslag genomen. Direct na de bevrijding in 1945 werd het huis door de Canadezen in gebruik genomen, die het pas in januari 1946 weer aan de familie vrijgegeven hebben. Gedurende de Tweede Wereldoorlog hebben de verschillende bezetters veel schade veroorzaakt. Onder andere zijn een aantal van de marmeren platen van de vloeren in gangen zo beschadigd dat ze vervangen moesten worden. In juni 1946 is de familie weer in het huis getrokken. Lees nog meer over de gebeurtenissen op Eyckenstein tijdens de Tweede Wereldoorlog.

Wie niet in dit rijtje mag ontbreken, is Willem Carel baron van Boetzelaer. In de jaren 1880 – 1883, na het overlijden van zijn moeder, heeft hij nogal wat verbouwd.

Maurits Jacob Eyck is ingrijpend aan het bouwen en verbouwen geweest. Hij was een kunstzinnig man, een goed tekenaar en zeer geïnteresseerd in de bouwkunst, vooral de oude Italiaanse. Vandaar de neo-klassieke stijl van het huis. Zo heeft hij in 1809 de grote zuilen voor het huis laten plaatsen en zijn de vloeren 50 a 70 centimeter omhoog gebracht om het huis meer aanzien te geven. Meerdere keren heeft hij wijzigingen aan het dak aangebracht: eerst heeft hij het omhooggebracht, later heeft hij er een klokkenstoel op gezet en weer later een nog grotere klokkenstoel. De ingang is verplaatst, binnenmuren zijn gesloopt of verplaatst en het oude achterhuis is gesloopt en vervangen door een groter en fraaier achterhuis. 

“Eyckenstein . 1809” luidt het opschrift op de gevel. Getekend door Maurits Jacob Eyck. Op de achterzijde van deze aquarel, die blijkbaar door Maurits Jacob Eyck als ansichtkaartje verstuurd is, staat de volgende Franse tekst:

Oorspronkelijke Franse tekst:

“en voyant lesquisse de la batiment souvenez vous chere mimi de ces habitans, ainsi que de l’ architecte
Votre tres devoué cousin & ami
M.J. Eyck
Eyckenstein
24 mars 1817.”

Vertaalde tekst:

“ziende de schets van dit gebouw herinner u lieve schat zijn bewoners, evenals de architect
Uw zeer toegenegen neef & vriend
M.J. Eyck
Eyckenstein
24 maart 1817.”

Met “de architect” doelde Maurits Jacob op zichzelf.

Links en rechts zijn nog terrassen en geen balkons aanwezig. Links en rechts staan beelden tegen de achtermuur.

Er is nog geen borstwering boven op het dak te zien, zoals dat wel op de lithografie van omstreeks 1822 te zien is. Het eerste achterhuis van Eyck met 3 verdiepingen bestond al, zoals op de lithografie van 1799 te zien is. Er is geen klokkenstoel op het dak te zien.

Langs de dakranden zijn balustrades te zien. Deze zijn later, waarschijnlijk door mr. Willem Carel baron van Boetzelaer, langs de randen van het terras geplaatst: tussen de buitenste zuilen en de muur van het huis en tussen de zuilen onderling, behalve tussen de middelste twee. Nu staan alleen de balustrades tussen de zuilen en de muur er nog.

Uit het onderschrift valt op  te maken dat het huis in 1780 grondig is verbouwd, waarschijnlijk is het zelfs voor een groot deel afgebroken. Dit is gebeurd onder Adriaan Hendrik Eyck. Wat er van het oude huis nu nog bestaat is niet helemaal duidelijk, in ieder geval een groot deel van de fundering, de kelder en misschien nog enkele binnenmuren. 

In 1799 is er een vooraanzicht en een achteraanzicht van Eyckenstein gemaakt. Daarop is te zien hoe  het  huis er vanaf 1780 uitgezien heeft. Op de afbeelding van het achteraanzicht is nog steeds de uitstulping rechts van het huis te zien, die hiervoor genoemd wordt. Verder is te zien dat het huis toen al een klokkenstoel op het dak had.

De oudste bouw van Eyckenstein zal van kort na 1600 zijn. In die tijd was het niet meer dan een herenboerderij. Op de tekening hieronder (zoals het huis volgens het onderschrift vóór 1780 was) is te zien dat Eyckenstein toen drie trapgevels had: één in het midden en één op iedere zijgevel.

Maurits Jacob Eyck heeft dit nagetekend van de toen overleden mr. Eyck van Zuylichem en heeft zijn tekening als ansichtkaart verstuurd. De uitstulping link heeft waarschijnlijk naar een kelder geleid, die in 2001 bij de restauratiewerkzaamheden gevonden is. Vermoedelijk heeft  er ooit aan de rechterzijde van het huis ook zo’n uitstulping met trap een kelder gezeten.